В рамках ЕНТ для обеспечения соблюдения единых требований и разрешения спорных вопросов при оценке тестовых заданий, защиты прав участников экзаменов создаются Республиканская комиссия по рассмотрению апелляций и апелляционная комиссия в каждом пункте приема. Эти комиссии функционируют в период проведения тестирования и прекращают свою деятельность сразу после окончания экзаменов.

Работу местной апелляционной комиссии возглавляет председатель, который назначается МОН РК. Состав апелляционной комиссии утверждается управлениями образования областей и городов республиканского значения.

Членами апелляционных комиссий на местах, то есть в каждом ППЕНТ, являются высококвалифицированные учителя-предметники, работающие в школах соответствующего региона, города и т. д.

Цель апелляционной комиссии на местах заключается в принятии поступивших от выпускников заявлений согласно Правилам проведения Единого национального тестирования. Комиссия принимает заявления до 14:00 следующего дня после объявления результатов тестирования лично от участника ЕНТ.

Апелляционная комиссия в ППЕНТ рассматривает заявления учащихся в течение одного дня.

Выпускник, не согласный с результатами тестирования, имеет право в установленные сроки подать апелляцию на обжалование результатов либо по содержанию тестовых заданий, либо по каким-либо техническим причинам.

По содержанию тестовых заданий:

- если считает, что задание было некорректным;

- если уверен, что правильно выбрал ответ, а он не был засчитан. То есть утверждают о неправильности кодов ответов.

По техническим причинам:

- если ошибочно закрасил не тот сектор (перепутал предметы на листе ответов);

- если в книжке-вопроснике есть технические ошибки (не пропечаталось задание, нет страницы и т. д.).

Прием заявлений на апелляцию по содержанию тестовых заданий осуществляют учителя-предметники. Их рассматривает местная апелляционная комиссия и в случае положительного ответа на заявление направляет его в Республиканскую комиссию по рассмотрению апелляций.

Заявления учащихся по техническим причинам местная апелляционная комиссия напрямую направляет в НЦТ. Если указанные в заявлении учащегося факты подтверждаются, то ему автоматически присуждается балл.

Республиканская апелляционная комиссия, состоящая из опытных и квалифицированных учителей-предметников, прошедших обучающие курсы в НЦТ и владеющих знаниями по процедуре проведения тестирования, рассматривает обоснованность предложений о добавлении баллов выпускнику апелляционными комиссиями и принимает окончательное решение.

При подаче заявлений любого характера учащийся должен знать, что рассмотрение апелляции не является пересдачей экзамена. В ходе рассмотрения апелляции проверяется только правильность оценки результатов сдачи вступительного испытания.

С целью качественного информирования выпускников об апелляции Национальным центром тестирования разработана Памятка по процедуре подачи и рассмотрения заявления на апелляцию по результатам Единого национального тестирования, которая выдается выпускнику в момент подачи заявлений на участие в тестировании.

Если обратиться к результатам работы Республиканской комиссии по рассмотрению апелляций во время ЕНТ-2013, то за время его проведения была рассмотрена 1361 апелляция выпускников, из них было удовлетворено 288 заявлений на тестовых задания, что составляет 0,45% от общего количества заданий, использованных во время ЕНТ-2013. Из них с казахским языком обучения – 156 тестовых заданий, с русским языком обучения – 132 тестовых задания.

Такой же результат (менее 1% от общего количества использованных заданий, по которым были удовлетворены заявления) фиксировался и в предыдущие годы.