Согласно ГК РК статьи 43, Филиалом или представительством является обособленное подразделение юридического лица, расположенное вне места его нахождения и осуществляющее все или часть его функций, совершающее от его имени сделки и иные правовые действия, за исключением случаев, предусмотренных законодательными актами Республики Казахстан. Филиалы и представительства не являются юридическими лицами. Они наделяются имуществом создавшим их юридическим лицом и действуют на основании утвержденных им положений. Руководитель Филиалов действуют на основании доверенностей.

В налоговых целях Филиал иностранного юридического лица рассматривается с точки зрения создания постоянного учреждения в Республике Казахстан и признается постоянное место деятельности в Республике Казахстан, через которое не резидент осуществляет предпринимательскую деятельность (детально определяется на основании ст. 193 НК РК). Следует отметить что определение Постоянного учреждения в целях налогообложения несколько шире определения Филиал Иностранного юридического лица и охватывает также деятельности не резидента без юридической регистрации в Республике Казахстан а также деятельность через агентов и субподрядчиков, детально это изложено в ст. 191 НК РК.

Для налогообложения Филиал иностранного юридического лица рассматривается в схожем порядке, как и юридические лица республики Казахстан.

Следует отметить, что согласно ст. 37 НК РК, предусмотрена ответственность учредителей за исполнение налогового обязательства прекращающего деятельность в Республике Казахстан структурного подразделения юридического лица-не резидента, а также постоянного учреждения юридического лица-не резидента.

Особенности налогообложения Филиалов иностранных юридических лиц в основном в налогообложении КПН.

Так согласно ст.198 НК РК филиал иностранного юридического лица признаваемого постоянным учреждением оплачивает КПН как и казахстанские юридические лица, при этом на вычеты относятся расходы, непосредственно связанные с получением доходов от деятельности в Республике Казахстан через постоянное учреждение, независимо от того, понесены они в Республике Казахстан или за ее пределами, за исключением расходов, не подлежащих вычету в соответствии с настоящим Кодексом.

В случае, если не резидент осуществляет предпринимательскую деятельность как в Республике Казахстан, так и за ее пределами в рамках одного проекта или связанных проектов, выполняемых совместно со своим постоянным учреждением в Республике Казахстан, доходом такого постоянного учреждения будет считаться доход, который оно могло бы получить, если бы оно было обособленным и отдельным юридическим лицом, занятым такой же или идентичной деятельностью при таких же или аналогичных условиях, и действовало независимо от юридического лица- не резидента, постоянным учреждением которого оно является. Понятие «связанные проекты» определено пунктом 2 статьи 191 НК РК.

Также Филиал имеет право на вычет управленческих и обще административных расходов Головного офиса распределяемых согласно статьи 208 НК РК по следующим методам:
1) методу пропорционального распределения расходов;
2) методу непосредственного (прямого) отнесения расходов на вычеты.
Основанием для отнесения на вычеты обще административных и управленческих расходов не резидента являются:
1) нотариально засвидетельствованной копии документа, подтверждающего резидентство, соответствующего требованиям пункта 4 статьи 219 НК РК;
2) копии финансовой отчетности постоянного учреждения налогоплательщика в Республике Казахстан;
3) копии финансовой отчетности юридического лица-не резидента;
4) копии аудиторского отчета по аудиту финансовой отчетности юридического лица-не резидента (при осуществлении аудита финансовой отчетности такого лица).

При этом в финансовых отчетностях, указанных в подпунктах 2) и 3), в зависимости от выбранного способа определения расчетного показателя должны раскрываться следующие данные:
1) общая сумма совокупного годового дохода в целом;
2) общая сумма расходов по оплате труда персонала в целом;
3) первоначальная (текущая) и балансовая стоимости основных средств в целом;

Юридическое лицо-не резидент не имеет права применять одновременно два метода отнесения управленческих и обще административных расходов на вычеты в течение отчетного налогового периода. Также не допускается вычет управленческих и обще административных расходов юридического лица-не резидента, определенных методу непосредственного (прямого) отнесения расходов на вычеты, но понесенных не на территории Республики Казахстан.

В дополнение налогообложения дохода Филиала иностранного юридического лица КПН по ставке 20%, чистый доход филиала юридического лица-не резидента от деятельности в Республике Казахстан через постоянное учреждение облагается корпоративным подоходным налогом на чистый доход по ставке 15 процентов. Чистым доходом признается налогооблагаемый доход, уменьшенный на сумму доходов и расходов, предусмотренных статьей 133 НК РК, а также на сумму убытков, переносимых в соответствии со статьей 137 НК РК настоящего Кодекса, за минусом суммы исчисленного корпоративного подоходного налога. Согласно Международных Конвенций, ставка Налога на чистый доход может быть уменьшена до 5% или 10% в зависимости от конвенции страны резидентства иностранного юридического лица.

Особо стоит отметить затраты представляемые к вычету Филиалом иностранного юридического лица, но относящиеся к деятельности в Республике Казахcтан. Данные затраты должны быть документально подтверждены первичными документами согласно закона о бухгалтерском учете и Налогового кодекса.

Следует учесть, что оплата осуществляемая Головным офисом не резидентам за свой филиал не освобождает Филиал от налогообложения Налогом у источника выплаты, при наличии объектов налогообложения определяемого и удерживаемого согласно ст. 193 НК РК.

Особо стоит отметить вычет по амортизации фиксированных активов, предусмотрен согласно ст. 116 НК РК, где фиксированные активы основные средства, инвестиции в недвижимость, нематериальные и биологические активы, учтенные при поступлении в бухгалтерском учете налогоплательщика в соответствии с международными стандартами финансовой отчетности и требованиями законодательства Республики Казахстан о бухгалтерском учете и финансовой отчетности и предназначенные для использования в деятельности, направленной на получение дохода. Таким образом, Филиал не резидента фиксированные активы, полученные от Головного офиса обязан поставить на баланс согласно законодательства Республики Казахстан о бухгалтерском учете и финансовой отчетности и только в этом случае получает право на налоговый вычет. Таможенный режим временного ввоза фиксированных активов не предусматривает их постановку на баланс филиала иностранного юридического лица, а следовательно в отказе на право получения вычета по их амортизации. Налог на имущество и налог на транспорт не резидента оплачивает Филиал, даже за фиксированные активы не стоящие на его балансе и принадлежащие головному офису но находящиеся в Казахстане.

Все остальные принципы налогообложения схожи как для налогоплательщиков юридических лиц республики Казахстан так и для налогоплательщиков Филиалов не резидентов с разнице в праве на применение налоговых преференций в виде ускоренной амортизации, которое имеют лишь юридические лица Республики Казахстан (ст. 123 НК РК).

Несмотря на иностранное резиденство Филиалов юридических лиц в Казахстане, бухгалтерская и налоговая документация Филиалов предъявляемая для подтверждения налоговых вычетов, должна вестись на государственном или русском языках, согласно закона о языках и законодательства о бухгалтерском учете (Закон РК «О бухгалтерском учете и финансовой отчетности» ст. 6). Документы представленные в подтверждение вычетов составленные на иностранном языке должны быть переведены на государственный или русский язык. Отсутствие перевода документов может вызвать непринятие вычетов в ходе налогового аудита по причине их необоснованности.